Исследовательские центры и программы ЕУСПб, ориентированы в первую очередь на работу в междисциплинарных проектах, они занимаются как теоретическими, так и прикладными, экспертными исследованиями по актуальной для современного общества проблематике. Центры и программы Университета в значительной степени работают как экспериментальные исследовательские площадки, на которых реализуются проекты с участием специалистов в разных областях социального и гуманитарного знания, разрабатываются и осваиваются новые методики.

Одно из главных преимуществ Европейского университета как современного исследовательского университета мирового класса состоит в том, что исследовательская деятельность центров и программ ЕУСПб непосредственно связана с учебным процессом. Разработки, которые ведутся сотрудниками исследовательских центров и программ, становятся основой для учебных курсов, совместная работа преподавателей, выпускников и слушателей в исследовательских центрах и программах преследует не только сугубо исследовательские цели, но и помогает слушателям получить столь необходимый опыт исследовательской работы, включиться в актуальный научный контекст.